一种基于二代测序的植物叶绿体全基因组组装成环方法

本发明是基于二代测序数据(如：Illumina平台)对植物叶绿体全基因组数据进行组装并构建成环的一种方法。本发明所提供的方法首先运用了数据过滤软件Trimmomatic、组装软件SPAdes和MASHMAP软件，然后利用ChloroplastCircle工具包，并结合Perl脚本语言编程实现整个植物叶绿体全基因组组装、成环的数据流过程。通过大量实验证明，本发明所提供的方法能够快速的、准确的、批量的、自动的完成植物叶绿体全基因组的组装和成环。目前，本发明在10，000个植物叶绿体全基因组项目中已经实施，取得了良好的效果。