（一）商业秘密合同纠纷可以通过和解、诉讼、仲裁方式解决。
（二）商业秘密合同纠纷发现能够和解的，应当首先采用和解方式解决。
（三）不能和解解决的：
1.合同中约定仲裁条款，或者发生纠纷后双方就纠纷的解决达成仲裁协议的，应当按照约定向相关仲裁机构申请仲裁;
2.合同中没有约定仲裁条款，或者发生纠纷后双方也没有达成仲栽协议的，按照《民事诉讼法》第二十三条、第三十四条的规定通过诉讼解决;
3．最高法院对商业秘密纠纷的司法管辖有专门规定的，按照该规定选择司法管辖;
4.对于因违反《反不正当竞争法》第九条第一款第三项而产生的纠纷，律师应当注意对商业秘密侵权法律关系与合同法律关系的竞合进行选择。